Kyon là một học sinh của trường cao học Bắc Nishinomiya. Cậu bị kéo cùng bởi người bạn cùng lớp Suzumiya Haruhi, một cô gái lập dị đang tìm kiếm các hiện tượng siêu nhiên và các sinh vật bí ẩn như người ngoài hành tinh, người du hành thời gian và Năng lực gia. Với sự giúp đỡ có phần miễn cưỡng của Kyon, Haruhi đã thành lập được một câu lạc bộ với tên gọi là "Đoàn SOS" (SOS団, Esu-Ō-Esu Dan?), viết tắt cho Cứu rỗi thế giới bằng cách mang lại niềm vui cùng đoàn Suzumiya Haruhi ("Spreading excitement all Over the world with Haruhi Suzumiya Brigade", 世界を大いに盛り上げるための涼宮ハルヒの団?, Sekai o Ōini Moriageru Tame no Suzumiya Haruhi no Dan) để điều tra các sự kiện bí ẩn. Haruhi sau đó tuyển thêm ba thành viên: mọt sách Nagato Yuki, trầm lặng và ít nói Asahina Mikuru và học sinh chuyển trường cực kỳ thân thiện Koizumi Itsuki. Các thành viên này lần lượt bộc lộ bản thân (với Kyon) rằng họ chính là thứ mà Haruhi đang tìm kiếm. Mỗi người đều được các Tổ chức của họ cử đến đây để quan sát Haruhi - người không biết rằng bản thân sở hữu sức mạnh thay đổi hiện tại-và ngăn chặn sức mạnh không bị phát tán. Điều này khiến cho Kyon phải nhận nhiệm vụ duy trì ảo tượng về cuộc sống bình thường của Haruhi.